根管治疗的疗程分为局部麻醉、术区隔离、开髓、确定根管数量、测定根管长度、根管清洗及扩大，根据实际情况是否需要根管换药，就目前的医疗水平，大多数患者可以做到全程无痛。
术前打麻药会产生疼痛，可以通过喷表麻止痛，疼痛的程度较小；根管充填也会产生疼痛，可以追加麻药缓解；患者在术后第一或者第二天会出现疼痛不适甚至局部肿胀。大多数会随时间逐渐消退，严重的可以适当口服消炎药或止痛药，如果有明显肿胀、发低烧，建议回原治疗单位检查后处理。
根管治疗的整个过程都会采用麻药处理，不会感到很大的疼痛。