囊肿可破坏卵巢皮质影响卵巢功能，异位内膜可影响排卵及卵子发育，导致周围脏器的解剖变异，导致不孕症，卵巢巧克力囊肿临床可以表现为痛经。另外该病可导致粘连，手术后容易复发，对于卵巢巧克力囊肿没有根治的方法，容易复发，除非切除卵巢，因为对青春期的女性该病是影响生育的，那么对于绝经后的女性合并卵巢巧克力囊肿的话，也需要治疗，因为有癌变的风险。