治疗植物神经功能紊乱首先要找到病因，判断是否有器质性的疾病，如甲亢、内分泌紊乱等，然后再针对病因进行治疗。
对于有器质性病变者，如甲亢，需要治疗器质性变。对于没有明确器质性或是继发性病变者，需要确定是否存在神经系统的功能失调，如是否有抑郁、焦虑、神经症的情况，再明确诊断的基础上进行包括心理治疗、辅助调节神经功能药物以及对症的综合治疗。