幽门螺旋杆菌根治的指征包括：有癌做过胃手术的，有明确的消化性溃疡病史的，有因为幽门螺旋杆菌引起消化不良等症状的，以及有过敏性疾病、血小板减少性紫癜、特发性紫癜、淋巴瘤的。尤其是家族里面有一些亲属有胃肠肿瘤的患者，强烈建议要杀菌。但是由于幽门杆菌是感染性疾病，目前在发展中国家的发病率越来越高，所以新提出如果患者发现有幽门螺旋杆菌，同时又有意愿治疗的情况也是可以治疗的。