治疗灰指甲主要的方式可以采用外用药和口服类药物进行治疗，选择不同的治疗方式会有不同的治疗效果，并不能简单地说哪一种药物效果最好。
1、外用药物治疗的话，一般灰指甲是属于真菌感染，通常情况是在甲板下面引起的感染，而不是在指甲盖外表，若只是涂药到指甲表面上，对于是否对甲板下面发挥功效，就不是很明显了，一般选用外用药物可以选择含有水杨酸、苯甲酸成分的药膏或者是搽剂进行局部涂抹治疗，一般治疗表现出良好的效果时会在指甲最里面新长出1mm左右的粉红色指甲，这样就可以继续使用外用药物擦拭治疗；
2、若是灰指甲属于指甲深层，并且多个指甲都存在真菌感染，这时候若只是局部擦药治疗是达不到很好的效果，因为外用药物对指甲盖的渗透性是有限的，不能够达到指甲深处组织，需要选用口服类药物和外用药物进行联合治疗。
针对服药之前可以对指甲感染真菌进行提取培养检测，明确属于哪种真菌感染，然后针对性进行抗菌灭菌治疗。治疗灰指甲并不是简单的一个过程，对于灰指甲药物的选用建议到正规医院，在专业医生的指导下进行，因为一些口服的治疗灰指甲的药物，可能会对肝功能有一定的影响，所以需要到正规医院进行诊治。