巴氏腺囊肿如果并发感染的话一般可以通过口服抗菌素进行治疗，也可以通过外用涂抹药物进行改善，必要时需要通过手术的方法进行治疗。
巴氏腺囊肿是由于巴氏腺受到炎症的刺激，腺管阻塞，腺体内的液体无法排出而形成的囊肿，可以每天用碘伏消毒后使用0.1%的聚维酮碘液或者是1:5000高锰酸钾液体进行坐浴，有利于囊肿的缩小。但用药之后有些人囊肿并不会消除，如果没有任何症状，可以定期复查，也可以行囊肿的造口术。如果出现囊肿逐渐增大伴有疼痛，考虑形成巴氏腺脓肿，早期可以使用抗菌素治疗，配合局部的热敷、理疗，促进炎症消退，保持外阴的清洁卫生。如果形成脓肿，疼疼痛加剧，就需要到医院切开引流，手术之后仍然有复发的可能。平时要注意外阴的清洁卫生，避免局部受到挤压及摩擦，防止复发。出现上述情况，需要到医院进行手术切除，手术后还应该做好局部的卫生清洁，有利于伤口的愈合，减少局部的刺激。
在手术切除以后应定期到医院进行换药，并且应穿宽松舒适的内衣裤，在大小便完后，可以用1:5000的高锰酸钾液清洗局部，减少感染。