根管治疗三年后牙又疼可能是由于根管治疗失败引起的，也有可能是由于根管治疗后没有及时佩戴牙冠的原因，或者牙齿治疗后，经长期使用发生了冠折根折都有可能。
如果在根管治疗的时候没有治疗彻底，或者由于根管系统的复杂性，即使经过严格的规范的根管治疗由于病人机体抵抗力低等原因导致患牙根尖部出现了炎症，或者原有的炎症未见好转，都有可能出现疼痛。这种情况则需要经过详细的检查以及评估，根管再治疗的可行性如何，以及可能的成功率如何来决定病人的进一步诊疗方案。也有可能是由于根管治疗后没有及时佩戴牙冠，充填体脱落导致食物嵌塞疼也会出现疼痛。根管治疗后的牙齿如果没有及时进行牙冠修复，有可能导致牙齿出现冠折、根折以及牙齿出现劈裂的情况，从而就可能会出现牙齿疼痛的症状，通常可以到正规的医院进行检查，查明具体的病因以后，配合专业的医生将牙齿拔除或者进行相应的药物处理。
在日常生活中一定要养成良好的饮食习惯，尽量避免吃过硬的食物，要多吃一些新鲜的水果蔬菜。定期进行口腔检查，对于防止牙齿出现龋坏，以及疾病的进一步进展起到比较积极的作用。