两者相较而言，硫酸氨基葡萄糖的胃肠道刺激更小，更容易吸收。
伊索佳硫酸氨基葡萄糖胶囊为结晶型硫酸氨糖，其制备工艺远远复杂于盐酸氨基葡萄糖的制备，目前国内外专家有指出结晶型硫酸氨基葡萄糖的疗效确切，安全性又高，然而盐酸氨基葡萄糖并不确定。
从分子结构上来讲，伊索佳硫酸氨基葡萄糖是组成硫酸软骨素、硫酸角质素的最基本的物质， 也是组成蛋白多糖聚合体的基本物质，对于骨关节炎的治疗是非常有效的。