南瓜子一天食用量不宜超过50g。适当的服用南瓜子能预防前列腺疾病、提高大脑的记忆力和应急能力、预防糖尿病、肾病，吃多了容易导致肚子胀、拉肚子并且影响肝功能。
南瓜子对于男性而言，是非常好的天然食品，高含量的锌元素和脱氢表雄酮，能有助于预防前列腺癌。南瓜子可以治疗良性的前列腺增生和前列腺增大。南瓜籽含有维生素b21、维生素E，可稳定心态，避免细胞衰老，防止成年人病症，治疗失眠，提高记忆力。南瓜子是神经系统维持正常功能所必需的营养成分，有助于产生氨基丁酸。在大脑出现紧张或者处于其他不利症状时，可以提高大脑的应急能力。南瓜子可以提高胰岛素的调节能力，有效地防止糖尿病的发生;南瓜子油中还含有植物营养素，有助于预防肾病。南瓜子相对油腻，对于脾胃虚弱，消化吸收不好的人群，吃多了容易导致肚子胀、拉肚子。肝功能不好、慢性肝炎、脂肪肝患者不宜过量食用南瓜子,因为南瓜子中含有少量的毒性物质,会影响肝功能。
食用南瓜子的时候建议在吃饭后一小时左右食用，如果饭前食用的可能会影响到吃正餐的食欲感。