新生儿在产后2-4个小时就可以吃益生菌了，因为这个时候已经有不同的菌群开始进入新生儿的体内。
益生菌具有良好的调节新生儿肠道菌群的作用，可以有效地改善肠道菌群紊乱，从而有利于新生儿胃肠功能的恢复。有些新生儿患有鹅口疮，也可以通过应用益生菌来进行改善。冲调益生菌一定要用40℃以下的温开水服用，如果冲调的水温过高，益生菌会失去活性，发挥不到正常作用。
建议新生儿在早上补充益生菌效果最佳，由于这时胃酸比较低，有利于益生菌顺利到达肠道。也可以在每天吃奶后半个小时左右服用益生菌，可以有效地避免益生菌造成的消化不良的症状。新生儿应避免在睡觉前或者空腹吃益生菌，这有可能会造成新生儿肠道的不适。只有新生儿出现了菌群失调或者免疫力低下等情况才可以服用益生菌，如果没有任何不适就不需要服用。而且对于新生儿来说，益生菌也是不可以长期食用的，因为宝宝在发育的时候，肠道也会不断的发育，只要身体健康，肠道健康，那么身体就会建立起平衡的菌群，就没有必要吃益生菌。