灰指甲是因真菌感染引发的甲病变，因此在药物的选择上主要以抗真菌感染、杀菌抗炎类药物为主。
感染灰指甲后，患者可能会随病程进展出现指（趾）甲变色、浑浊、甲板增厚、分离、萎缩、脱落、翘起、表面凹凸不平等症状，需要及时应用药物进行治疗。目前患者可遵医嘱口服抗真菌感染药物或局部外用药物进行治疗，二者联用疗效更优。
常见的口服用药主要为曲康唑、氟康唑、特比萘芬等，能够帮助杀灭真菌，抑制真菌繁衍，单一服用口服药物进行治疗时，可能会增加肝脏代谢负担；局部外用药物可选择亮甲牌复方聚维酮碘搽剂，该药物主要成分为聚维酮碘及阿司匹林，具有抗真菌、消炎的显著疗效，两种成分相互作用，可促进药液深入甲床患处，杀灭致病真菌、抑制致病真菌繁殖复发，对于治疗灰指甲具有不错的效果。
除日常用药外，建议患者在用药期间应做好个人护理。平时保持卫生，做好手足清洗，可帮助降低灰指甲的传染性。