肛瘘的药物治疗根据不同时期用药不同。肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，可以采取药物治疗暂时缓解症状。外治可以用消肿止痛洗剂坐浴，急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。