肛瘘的症状主要有反复的流脓、疼痛、瘙痒，一般新发的肛瘘症状较轻，再次感染的症状是流脓较多，脓液粘稠臭味。若是瘘管再次有感染，脓液会比上次还多，愈来愈严重。