肛瘘药物治疗分为全身用药和局部用药。全身用药，西药主要以抗生素为主，可以静脉用药或口服。中药根据辨证清热解毒消肿排脓或益气扶正排脓为法。局部用药西药以外用消毒剂高锰酸钾坐浴，甲硝唑冲洗，呋喃西林液湿敷。中药早期以清热解毒消肿排脓为主。