肛瘘的并发症主要有以下：瘘管有稀粪流出，影响正常的生活工作，长期刺激皮肤出现潮湿瘙痒。肛瘘反复感染，患者经常出现疼痛流脓症状，肛瘘波及范围大损伤肛门括约肌，容易影响肛门功能，出现肛门排便功能障碍。