可通过病因治疗和调整菌群治疗。
如胆囊炎、维生素缺乏、小肠蠕动过快等因素引起，应针对病因治疗；若由应用抗菌药物引起，应立即停止原抗生素。调整菌群治疗包括调整饮食或酌情限制碳水化合物及蛋白质的摄入，增加膳食纤维，目前常用的益生菌制剂有乳酸杆菌、双歧杆菌和枯草杆菌等，通过补充益生菌可达到较好的效果。
肠道菌群失调症重在预防，首先应合理应用抗生素，对于术后或消化系统疾病患者，主张尽早肠内营养。