治疗上主要是针对病毒治疗。
肠系膜淋巴结炎常在呼吸道感染和肠道感染过程中发生，多表现为发热、腹痛、恶心、呕吐、腹泻或便秘的症状，疼痛部位不固定，腹痛多为隐痛或痉挛性疼痛。一般针对病毒进行治疗，若合并细菌感染可加用抗生素，同时可再进一步对症治疗，对于症状严重的患者，可静脉补液。
多数患者在呼吸道和肠道感染病情好转后，淋巴结炎的症状也随之消失，但有反复发作的倾向。