半夜胃疼在临床上叫做凌晨痛，主要是和酸相关疾病有关，如十二指肠球部溃疡以及胃食管反流病。
凌晨时各种刺激胃酸的激素水平升高，而此时机体分泌胃酸的泌酸小管中的核心部件也在更新，凌晨时胃内基本是空着的，没有食物来中和胃酸，这个时候胃内酸度是最大的，所以如果有酸相关的基础疾病就会出现凌晨痛，这种情况在十二指肠球部溃疡中尤其常见，如果有凌晨痛的患者需要来医院进行胃镜检查明确胃内的病变。